Madrasah Tsanawiyah (MTs) Negeri Gilimanuk merupakan jenjang dasar pada pendidikan formal, setara dengan Sekolah Menengah Pertama (SMP), yang pengelolaannya dilakukan dibawah naungan Kementerian Agama Kabupaten Jembrana Provinsi Bali.
Lama Pendidikan MTs. Negeri Gilimanuk ditempuh dalam waktu 3 tahun, mulai dari kelas 7 sampai kelas 9. Murid kelas 9 diwajibkan mengikuti Ujian Nasional (dahulu Ebtanas) yang mempengaruhi kelulusan siswa.
Lulusan MTs. Negeri Gilimanuk dapat melanjutkan pendidikan ke Madrasah Aliyah atau Sekolah Menengah Atas/Sekolah Menengah Kejuruan.
Kurikulum MTs. Negeri Gilimanuk sama dengan kurikulum SMP pada umumnya, hanya saja pada MTs. Negeri Gilimanuk terdapat porsi lebih banyak mengenai pendidikan agama Islam, seperti mata pelajaran Bahasa Arab, Al Qur’an-Hadits, Fiqih, Aqidah Akhlaq, dan Sejarah Kebudayaan Islam.
Saat ini MTs. Negeri Gilimanuk terus melakukan pembenahan dalam segala hal, dari segi fasilitas belajar telah terdapat Perpustakaan yang representatif, Lab. Bahasa, Lab TIK, Lab. IPA, Sanggar Seni Budaya serta layanan pendidikan yang modern dengan tenaga pendidik yang profesional di bidangnya.
Beberapa perestasi dari tingkat daerah, provinsi bahkah nasional telah di raih, sebagai bukti dedikasi MTs. Negeri Gilimanuk terhadap pendidikan.
